身在广陵的孟昶有一天劝青州刺史桓弘外出围猎，在天还未亮之时，便将州府的大门打开，把猎人们放了出去。孟昶同刘毅、刘道规率领几十名精壮士兵乘机直接闯入州府，看见桓弘正在吃粥，便立即杀了他，于是把部众召集起来渡过长江。刘裕又派刘毅将刁弘杀了。

在这以前，刘裕派同党周安穆前往建康向刘迈报告，刘迈虽然敷衍同意一起反叛，但是心中却十分害怕。周安穆看到这样的情况，害怕事情败露，便飞马跑了回去。桓玄将刘迈任命为竟陵太守，刘迈希望尽快上任。当天晚上，桓玄给刘迈写信说：“北府那边人们的情况如何？你最近与刘裕相见，都说过什么？”刘迈认为桓玄已经掌握了他们的计划，早晨起来，就向桓玄禀报了刘裕等人准备谋反的事。桓玄听后，惊慌失色，马上将刘迈册封为重安侯。后来又对刘迈没有抓住周安穆，让他逃掉一事怀恨在心，于是杀掉了刘迈。然后他又杀死了王元德、辛扈兴和童厚之等人。

大家将刘裕推举为讨伐桓玄的首领，总领督管徐州的各项事务。刘裕又将孟昶任命为长史，在京口镇守，将檀凭之任命为司马。彭城有应征的人，刘裕把他们全都交由郡主簿刘钟统领。丁巳日，刘裕率领这两个州共一千七百余部众前往竹里驻扎，并向各地发布出师的通知命令，声称益州刺史毛璩已经将荆楚一带平定，江州刺史郭昶之已经在寻阳重新拥戴皇帝复位，镇北参军王元德等人共同统帅部下在石头据守，扬武将军诸葛长民已经将历阳占据。

桓玄从东宫返回皇宫，将所有侍从官员都召入官衙居住，将扬州刺史新野王桓谦任命为征讨都督，派殷仲文接替桓脩担任徐、兖两州刺史。桓谦等人请求即刻发兵攻打刘裕。桓玄说：“他的军队此时士气过于锋锐，因为他们已经知道这个做法九死一生。在这种情况下，如果我们迎战出现什么差错受到挫折，那么，他们的士气就必然会高涨，而我的大业便即将失败。因此，我们不如在覆舟山屯聚大批人马等待他们。他的军队徒劳地跑了二百里路，没有得到任何胜利，锐气自然已经被挫伤，又忽然见到我们的大队人马，必然会十分惊骇。那时，我们只要按兵不动，在自己的阵营中固守，不与他们交战，他们想要与我们交战又找不到下手之处，自然便会溃散奔逃。这才是策略中上等的。”桓谦等人多次坚持请求派兵迎击刘裕，桓玄这才命令顿丘太守吴甫之和右卫将军皇甫敷率领军队相继往北方进发。

桓玄心里十分担忧和恐惧。有人说：“刘裕等人是一群乌合之众，力量弱小，看起来一定不会有什么成就，陛下为什么要深深地感到忧虑呢？”桓玄说：“刘裕有足够成为一世英雄的能力。刘毅家里穷得并无一石粮食的积蓄，但樗蒲赌博时一次押下的赌注就有百万。何无忌又与他的舅舅刘牢之非常像。这些人共同创立大业，怎么能说不会成功呢！”

南凉王秃发傉檀对后秦的强大十分畏惧，因此，将自己的年号免去，将原来设立的尚书丞郎等官职废除，派关尚前往后秦国出使。后秦王姚兴说：“车骑将军既然到这里将供奉献上，以藩属自称，那么，他又自作主张动用军队修建庞大的城池，这怎么能与做臣子的道理相符呢？”关尚说：“以一国王公的身份设置险要，从而守卫自己的封国，这个制度是前代君王早就确定了的。我们车骑将军在偏僻遥远的封地居住，与强大的贼寇紧紧相邻，主要是考虑到要加强国家边防，想不到陛下会忽然对这件事产生怀疑。”姚兴认为他回答得很好。秃发傉檀提出统辖凉州的请求，姚兴没有批准。

起初，袁真将朱宪杀掉，朱宪的弟弟朱绰出逃并投奔桓温。桓温将寿阳攻克，朱绰曾将袁真的棺材挖出，对着袁真的尸体砍杀。桓温非常生气，打算杀了他，桓冲出面求情才把他放了。朱绰从此像对待自己的生父一样对待桓冲，后来桓冲去世，朱绰过于伤心，吐血后死去。刘裕攻破京口，将朱绰之子朱龄石任命为建武参军。三月戊午朔日，刘裕的军队与吴甫之的军队遭遇于江乘。双方正准备开战，朱龄石向刘裕进言说：“龄石家几代人都受到桓氏的厚恩大德，不希望与他们以兵器相对，因此，请求您同意我跟在大队人马的后面。”刘裕认为他的要求与道义相符，因此便同意了。吴甫之在桓玄手下是一员勇将，他率领的军队非常精锐。刘裕手握长把大刀，大声呼叫着向敌军冲击，敌军士卒纷纷退避，于是便将吴甫之斩杀，追赶到罗落桥。皇甫敷统领数千人迎战刘裕，宁远将军檀凭之在交战中死去。刘裕反而越战越勇，皇甫敷派兵包围了刘裕，刘裕依然以一棵大树为依托继续奋战。皇甫敷说：“你准备怎么死？”将长戟拔出准备刺他，刘裕圆睁双目对皇甫敷大加痛斥。皇甫敷退后，不敢上前。此时，刘裕的部下很快赶来，用箭将皇甫敷的额头射中，使其从马上跌落。刘裕提刀径直来到他前面。皇甫敷说：“你承接上天的福命，我想把我的后代托付给你。”刘裕将他斩杀，又对他的后代厚加安抚。刘裕把由檀凭之统率的军队分配给参军檀祗。檀祗是檀凭之的侄子。

桓玄得知两员大将战死，十分惊惧，将各种巫师术士召来推算吉凶祸福，同时希望能用法术把刘裕的军队击退。他向群臣询问说：“朕难道真的会被打败吗？”吏部郎曹靖之答道：“百姓怨恨，上天发怒，臣下我真的很害怕。”桓玄说：“百姓或许有所不满，只是上天的神灵为何又发怒呢？”曹靖之回答说：“晋朝司马氏的宗庙，经历了许多坎坷，漂泊于江滨一带；而大楚的宗室祭庙，最高的并无祖父。这就是为什么上天要发怒。”桓玄说：“你为何不及早告诉我？”曹靖之答道：“朝廷高官们都把现在当成尧、舜重生一样的清明盛世，臣下怎么还敢进言！”桓玄无言相对。他派桓谦与游击将军何澹之在东陵驻扎，又派侍中、后将军卞范之在覆舟山的西面驻军，他们的部下一共有两万人。

己未日，刘裕的军队吃完饭，扔掉了剩下的全部粮食，行进到覆舟山东面的地区，派一些身体较弱的士兵爬上山，挥舞旗帜充当疑兵，并且分成几路同时前进，使山谷中布满旌旗。桓玄派出的探子返回报告说：“刘裕的军队满山都是，已驻满各处，不知道人数有多少。”桓玄更加忧虑惊恐，派武卫将军庾赜之率领精锐军队前往各路部队补充增援。桓谦等人所统辖的兵众很多都是北府部队的老部下，一直都对刘裕非常敬畏和佩服，所以一点斗志都没有。刘裕和刘毅等人将兵马分为几路，向前攻打桓谦的阵营。刘裕一马当先，手下的将士也都拼命作战，全都以一当百，喊杀声惊动天地。此时，突然东北风起，刘裕借此点火焚烧敌军，浓烟烈火向天空直冲，鼓声喊声使京邑震动，桓谦等各路军队完全崩溃。

桓玄此时虽然派军队迎战刘裕，但是已经确定了逃跑的想法。他暗中命令领军将军殷仲文在石头将船只准备好。当他得到桓谦等军队已遭惨败的消息，便率领亲信部下数千人，以去加入战斗为名，然后带上他的儿子桓昇、侄子桓浚走南掖门出逃。途中与前相国参军胡藩相遇，胡藩抓着他的马勒口谏阻说：“如今羽林禁卫军还有八百名射手，都是遵守信义的老部下，西部人受到桓家几代人的大恩，不驱使他们前去决战，却突然将他们丢下，想要去哪里呢？”桓玄不作答复，只是用马鞭向上天指了指，然后便催马走了，向西到达石头，与殷仲文等人乘船顺长江向南走。桓玄整天吃不下东西，身边的侍从把粗糙的饭食给他端来，桓玄咽不下去，桓昇抱着父亲，为他安抚胸口，桓玄觉得悲不自胜。

刘裕率领军队来到建康城中，王仲德抱着王元德的小儿子王方回，出来路旁站着等候刘裕，刘裕在马上将王方回抱起来与王仲德相对哭泣。刘裕将王元德追任为给事中，将王仲德任命为中军参军。刘裕在桓谦从前的大营中住宿，命令刘钟在东府据守。庚申日，刘裕前往石头城驻扎，设立留守官衙的文武官员，在宣阳门外将桓温等人的神像牌位焚毁，又制造了新的晋朝宗室牌位，在太庙中供奉。他又派几位将军对桓玄进行追击，派尚书王嘏率领众官员前去迎接皇帝车驾，将桓玄宗族中仍然留在建康的人全部诛杀。刘裕派臧熹来到皇宫中，收检图书与器物，将府衙仓库关闭查封；其中有一些用金银装饰的乐器，刘裕向臧熹问道：“你难道没有占有这些东西的想法吗？”臧熹严肃地说：“皇上被逼到幽暗的地方，流亡到他不应该去的地方，将军率先站出来树建大义，为王家的事业尽心尽力，我虽然不能和您一样建功立业，却也确实没有心情去享乐。”刘裕边笑边说：“我只是用这话和你开个玩笑而已。”臧熹是臧焘的弟弟。

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