壬戌日，桓玄的司徒王谧与众人讨论，打算推举刘裕治理扬州，刘裕坚定地推辞。于是将王谧任命为侍中，兼任司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧又将刘裕举荐为使持节，都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州各项军务和徐州刺史。将刘毅任命为青州刺史，将何无忌任命为琅邪内史，将孟昶任命为丹杨尹，将刘道规任命为义昌太守。

刘裕初到建康的时候，将那些重大事务全都交给刘穆之处理，以使那些仓促间应当处理的公务马上安排就绪，没有不妥帖恰当的。刘裕于是把他当成自己的知己，一举一动全都向他征求意见。刘穆之也是竭尽心力，没有一点疏漏和隐藏。当时晋朝的政令宽松废弛，纲法纪律全都没有得到建立，豪门大族傲慢放任，但寻常百姓却十分贫困穷苦，再加上司马元显又多次违背和破坏政令，桓玄虽然有过进行整顿的打算，但是却由于各种规章有着过于繁琐细密的分类条目，百姓无法适应。刘穆之对当时的情况进行了仔细的研究，以轻重缓急为依据加以清理修正。刘裕也身为表率，首先用威行严法进行管理，使朝廷内外的文武官员都能认真严谨地履行职责，不到十天，官风民俗立即有了很大的改观。

起初，诸葛长民来到豫州，由于耽误了约定的期限，因此不能够发动政变。后来豫州刺史刁逵将诸葛长民擒获，把他关在囚车中送给桓玄，途经当利时，桓玄的军队已经被打败，押送的人一起将囚车打破，放出诸葛长民，返回历阳。刁逵丢弃城池逃跑，被其部下捉住，押送到石头城斩首，其子与侄子等亲人，不论男女老幼全都被杀，只有他的小弟弟给事中刁骋被赦免。刁逵从前的部下把他的侄子刁雍藏起来送到洛阳，后秦王姚兴将他任命为太子中庶子。刘裕将魏咏之任命为豫州刺史，在历阳镇守，将诸葛长民任命为宣城内史。

起初，刘裕只有很小的名声，官位也不高，轻浮狡狯，没有端正的品行，社会上层的人士都不与他来往，只有王谧一人却认为他不寻常，异常推崇他，对刘裕说：“你必将成为一代英雄。”刘裕曾与刁逵在一起玩樗蒲赌博，经常输了没有钱还，有一次刁逵把他捆在拴马桩上，被王谧遇见，一边对刁逵大加斥责，一边将刘裕释放，并替他把输的钱还上。从此，刘裕便对刁逵十分痛恨，同时又对王谧的恩德十分感激。

萧方等说：蛟龙在海底潜伏的时候，连鱼虾都能欺辱戏弄它。因此汉高祖将雍齿赦免，魏武帝将梁鹄赦免，怎么能因为当百姓时所结的怨恨，等成为帝王之后还要报仇呢？如今王谧成为公卿，刁逵却全家被斩，这样过分的感恩报仇，心胸是多么狭隘呀！

尚书左仆射王愉及其子荆州刺史王绥图谋攻击刘裕，事情败露，遭到族诛。王绥的侄子王慧龙被僧彬藏了起来，幸免被杀。

北魏觉得中原地区一片萧条，因此，颁布诏令把住户不足百家的县份取消。

丁卯日，刘裕返回东府镇守。

桓玄逃到寻阳，郭昶之给他提供用品器具，增加兵力。辛未日，桓玄强迫晋安帝一同逃向西方，刘毅率领何无忌、刘道规等几支军队在后面紧紧追赶。桓玄将龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之一起留在湓口镇守。桓玄在路上自己写《起居注》，叙述对刘裕的讨伐，称自己所使用的战略战术毫无失误，只是手下的军队不按照自己的指挥调遣行动，才造成了失败的结果。桓玄把所有的精力都用在记录这些事情之上，根本没时间和手下的官员及众将商议时势，讨论对策。他写完了《起居注》，向身边的许多人公开展示。

丙戌日，刘裕称自己收到了安帝的密诏，派武陵王司马遵根据安帝的旨意，总领众官员处理国家政务，加授侍中、大将军等职务。因此，下令宣布大赦，其中，唯独不宽宥桓玄一族。

刘敬宣和高雅之逃到南燕后，与青州的豪门大族及鲜卑族中部分势力很大的酋长首领结交，阴谋将南燕王慕容备德刺杀，推举司马休之担任首领。慕容备德将刘轨任命为司空，十分宠爱和信任他。高雅之想要邀集刘轨共同商量事变，刘敬宣说：“刘轨已经年老，有在齐地安心老死的打算，千万不可让他知道。”高雅之还是把计划告诉了刘轨，刘轨果然不顺从。他们的这些图谋因此全部败露，刘敬宣等人逃往南方，南燕人于是将刘轨抓住，杀掉了他，又追上并杀了高雅之。刘敬宣、司马休之逃跑来到淮河、泗水之间，得知桓玄已败，于是前往东晋投奔。刘裕将刘敬宣任命为晋陵太守。

南燕王慕容备德得知桓玄失败，打算派北地王慕容钟等人领兵攻打江南，不巧刚好这时慕容备德生病，于是停止。

夏季四月己丑日，东晋武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外对他都极为恭敬。他把任免文武官员的命令称为制书，把一般的行政通告叫作令书。任命司马休之统领荆、益、粱、宁、秦、雍六州各项军务，兼任荆州刺史。

庚寅日，桓玄将安帝带到江陵，桓石康接纳了他们。桓玄再度设置文武百官，将卞范之任命为尚书仆射。他自己意识到逃跑失败之后，担心威望命令得不到贯彻，于是越发加重了严刑和惩罚，部众日益离心离德、怨声不断。殷仲文对他加以劝阻，桓玄十分生气地说：“如今由于这些将领作战缺乏章法，因此天象对我们不利，我不得不回到楚国的旧都。但是这些部下却仍然议论纷纷，随意提出奇怪的言论，我正应当用强硬的手段对他们的不恭进行纠正，决不能对他们宽容。”荆州、江州几个郡得到桓玄西撤的消息，有送上奏表或赶来问安的郡宰，桓玄全都拒绝接受，下令让这些人重来祝贺迁移新都。

起初，王谧在桓玄开国时是辅佐元勋，桓玄接受禅让登上帝位时，王谧亲自动手将安帝携带玉玺的绶带解开。等到桓玄失败，众人说应当诛杀王谧，刘裕为这件事特别出面保全了他的性命。刘毅曾有一次在朝廷议事时，向王谧询问如今皇帝的玉玺印绶在哪里，王谧内心十分不安，因此逃到曲阿。刘裕给武陵王司马遵上书，请求接回王谧，并恢复了他原来的官位。

桓玄的侄子桓歆引来氐人的首领杨秋攻打历阳，魏咏之率诸葛长民、刘敬宣和刘钟等人一起反击，打败了他们，并在练固将杨秋斩杀。

桓玄命令式卫将军庾稚祖和江夏太守桓道恭率数千人前往何澹之等人那里，与他们共同据守湓口。何无忌、刘道规到达桑落洲。庚戌日，何澹之等人统率水军迎战，何澹之经常乘坐的船只装饰华美，有很多旗帜。何无忌说：“贼寇的首领必然不会乘坐这条船，只是要欺骗我们而已。我们应该迅速攻击他们。”人们都说：“何澹之不乘坐这条船，把它缴获了没什么用。”何无忌说：“此时敌众我寡，难以抵挡，我们这一战不能保证全胜。既然何澹之不在这条船上，那么此船上就一定没有太强的兵力，我们用强大的兵力向它进攻，一定会将这条船缴获；得到了它，那么就会使敌人的气势受到挫伤，也会使我们士气倍增。如此一来，一定能将这些贼寇消灭。”刘道规说：“说得对！”于是领兵向那条船发起猛攻，并缴获了它，乘势高呼：“已经把何澹之活捉了。”何澹之的军队惊惧纷扰，何无忌的军队中也认为真是这样，于是乘胜大举向何澹之等的军队进攻，大败对方。何无忌等人将湓口攻下，率军进入寻阳据守，派使节将晋室宗庙的祖先牌位和装牌位的石匣一起奉送回京师。朝廷给刘裕加授了都督江州诸军事官职。

桑落之战，胡藩所乘坐的战舰被朝廷的军队烧毁，胡藩身穿全副铠甲落入水中，在水中潜游了大约三十步才得以上岸。这时，与江陵相通的道路已被封锁，于是他返回豫章。刘裕向来听说胡藩是个忠厚直率的人，征召他并让他担任参领军军事。

桓玄将荆州的兵马收募聚集起来，还不足一个月，便得到两万军队，并且拥有非常整齐的高大战舰、军械武器等配备，军容十分盛大。甲寅日，桓玄又一次率领几支军队挟持安帝前往东方，命令苻宏兼任梁州刺史，充当大军的前锋。又派散骑常侍徐放先前去对刘裕等人劝说道：“如果你们能将大军撤回，解散军队，一定会给你们一个机会改过，为你们分别加授相应的官职，必然不会让你们失望。”

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