刘裕派诸葛长民统领淮北各项军务，在山阳镇守。让刘敬宣担任江州刺史。

柔然可汗郁久闾社仑的堂弟郁久闾悦代大那图谋杀害郁久闾社仑失败，前往北魏投奔。

后燕王慕容熙在龙腾苑中修筑逍遥宫，房屋相连达到几百间，又开凿曲光海，在盛夏季节里，士卒无法得到休息，超过一半人中暑而死。

西凉世子李谭辞世。

刘毅、何无忌、刘道规与下邳太守平昌人孟怀玉率领军队自寻阳出发向西进发，五月癸酉日，他们在峥嵘洲遇到了桓玄的军队。刘毅等人的军队只有不到一万士卒，而桓玄手下的兵士却达到数万之多，所以大家都十分害怕，准备撤退返回寻阳。刘道规说：“万万不能这样做！敌众我寡，强弱的气势本就十分明显，如果害怕不前，必然会被敌人抓住机会，就算返回寻阳，又怎么能坚固自己的防守呢？桓玄虽然窃取了英雄豪杰之名，但内心其实十分空虚和怯懦，再加上他此时已经败亡奔逃，军队根本就没有决心坚持作战。决定双方胜负的，关键在于将领勇猛无敌方能克敌制胜，不取决于人数的多少。”因此，他先挥师向前，刘毅等人也领兵紧随。桓玄经常在座舰旁备好一艘小快船，以方便在失败时逃跑，于是，众人都没有作战的心思。刘毅等人凭借江风放起了火，投入全部精锐军队作战，每个人都争先恐后，桓玄的军队全面溃败，将自己的辎重物资烧掉，连夜逃走。前将军郭铨在拜见了刘毅后便投降了。桓玄从前的部将刘统、冯稚等人聚集四百名党羽将寻阳城攻下。刘毅派建威将军刘怀肃征讨并平定了他们。刘怀肃是刘怀敬之弟。

桓玄裹胁安帝乘坐一艘小船逃向西方，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文此时正在桓玄的船上，请求到其他船上将逃散的军卒召集起来，于是，便借机背叛桓玄，侍奉两位皇后投奔夏口，又返回建康。

己卯日，桓玄同安帝返回江陵。冯该劝他再东征一次与对方决战，桓玄没有采纳。他打算逃往汉中桓希处投奔，然而此时他已经众叛亲离，人人心中沮丧，发下号令也无人执行。庚辰日，深夜，桓玄做好出发的准备，城中已然大乱，于是不得不和一百多名亲近的心腹，乘马来到城外，逃向西方。刚来到城门，他身边的亲信中有人在暗处砍杀桓玄，并未砍中。于是他的亲信们又互相残杀，尸身遍地。桓玄只是将性命保住逃到船上，身边的众亲信早已四散逃命，在身边追随的只有卞范之。

辛巳日，荆州别驾王康产恭迎安帝来到南郡府衙的官舍，太守王腾之统率文武官员充任侍卫。

桓玄打算前往汉中。屯骑校尉毛脩之，是毛璩的侄子。他将桓玄引诱到蜀地，桓玄相信了他的话。宁州刺史毛璠是毛璩之弟，在官任上死去。毛璩派他哥哥的孙子毛祐之与参军费恬率领几百人将毛璠的灵柩护送回江陵。壬午日，他们在枚回洲遇到桓玄。毛祐之、费恬迎击桓玄，发箭如雨，受到桓玄宠爱的弄臣丁仙期与万盖等用自己的身体将桓玄护住，全都中箭而死。益州督护汉嘉人冯迁将佩刀抽出，冲到前面准备将桓玄杀掉，桓玄连忙将头上的玉制头饰拿下来递给冯迁，说：“你是什么人？竟有胆子刺杀天子！”冯迁说：“我杀的只是天子的盗贼罢了！”于是将桓玄杀死，又将桓石康、桓濬、庾赜之杀死，将桓昇生擒并押送到江陵，斩首于街市上。安帝在江陵复位，并将毛脩之任命为骁骑将军。甲申日，下令实行大赦，那些由于对桓玄的威逼感到害怕而参与或跟随桓玄反叛的人，全部不予追究。戊寅日，重新在太庙中供奉司马氏祖先的牌位。刘毅等人又把桓玄的首级送到建康，挂在大桁示众。

刘毅等作战取胜后，觉得大事已经平定，所以，并不急于对分散的敌人予以追击，又不巧忽然刮起西风，船只无法逆水向前，因此，到桓玄已经死去快十天的时候，他们的几支军队仍然没有赶到。这时桓谦在沮中藏身，扬武将军桓振在华容浦藏身。桓玄从前的部将王稚徽在巴陵戍守，派人报信给桓振说：“桓歆已将京邑攻克，冯稚又将寻阳攻克，刘毅等人的几路军队全部在中途溃败退走。”桓振十分高兴，将自己的党羽聚集起来，总数有二百人，攻打江陵，桓谦也将部众聚集起来响应他。闰五月己丑日，再一次将江陵攻陷，杀掉王康产和王腾之。桓振来到行宫见到安帝，跃马挥戈，直至石阶下面，询问桓昇在什么地方。当他得知桓昇已死，向安帝瞪圆了眼睛说：“我们桓家一门有哪里对不起国家，而竟遭到你们这样的屠杀！”琅邪王司马德文来到床座下对他说：“这怎么会是我们兄弟两个人的想法呢？”桓振想要杀安帝，桓谦苦苦地将他劝阻。于是，桓振从马跳下来，板着脸勉强向安帝敬礼后便退到外面。壬辰日，桓振为桓玄举行丧事以示哀悼，设立灵堂，将桓玄追谥为武悼皇帝。

癸巳日，桓谦等人带领众臣向安帝奉还玉玺印绶，说：“主上效仿尧帝禅让帝位给舜帝的样子，如今楚国的寿命福分很短，百姓们的民心已经重新向晋室归附。”安帝于是让琅邪王司马德文兼任徐州刺史之职，将桓振任命为都督八郡诸军事、荆州刺史，将桓谦侍中、卫将军的旧职恢复，另加授为江、豫二州刺史，安帝的侍卫及左右人等，全都是桓振的心腹。

桓振从小就举止轻薄，不具备端正的品行，桓玄不把他当成侄子，对他十分厌恶。到了这时，桓振叹着气说：“你从前不及早地对我加以重用，所以这次才会惨败。如果你仍然在世，我来充当前锋，平定天下实在不在话下。如今，让我一个人在此做这样的官，我将来究竟会有什么样的归宿呢？”于是放纵沉湎于酒色，恣意地杀人。桓谦劝说桓振率领军队向东征战，自己在江陵据守。桓振素来轻视桓谦，因此并不接受他的建议。

刘毅的军队来到巴陵，将王稚徽杀掉。何无忌、刘道规在马头进攻桓谦，又在龙泉攻打桓蔚，都将敌军打败。桓蔚是桓秘的儿子。

何无忌准备乘胜一直向江陵行进，刘道规说：“兵法上说，作战时进军收军都应该按时机行事，万万不可随意进退。桓氏家族世代在西楚居住，那些小民都愿意尽可能地效力于他们。桓振又十分勇猛，在军队之中居首，在战场上与他交战，很不容易取胜。我们正可以让兵力暂时休息一下，养精蓄锐，渐渐地使用计谋将他制服，无需担心不能将其战胜。”何无忌却不接受他的劝告。桓振在灵溪迎击何无忌的军队，冯该领兵与其交战，结果何无忌等人的军队被打败，一千多人战死。他们返回寻阳，与刘毅等人共同上书刘裕请罪。刘裕以刘毅是对几支军队协调节度的主帅为由，将他青州刺史的职务免去。桓振将桓蔚任命为雍州刺史，在襄阳镇守。

柳约之、罗述和甄季之得知桓玄已死，便率领部众从白帝城行进到枝江，又得知何无忌等人在灵溪被打败，于是也领兵退回了。不久，罗述和甄季之都得了病，柳约之便到桓振处拜见并假装投降，想要寻找机会偷袭桓振，事情败露，被桓振杀掉。柳约之的司马时延祖与涪陵太守文处茂将他剩余的兵力接收，在涪陵据守。

六月，毛璩派兵攻打汉中，将桓希斩杀，毛璩亲自兼管梁州事务。

秋季七月戊申日，永安皇后何氏崩逝。

后燕苻昭仪生了病，龙城人王荣称自己能治好她的病。苻昭仪不久就去世了，后燕王慕容熙下令将王荣绑在皇宫公车门外，将他用支解的酷刑处死后又将尸体焚烧。

八月癸酉日，东晋追谥永安皇后何氏为穆章皇后，在永平陵将她安葬。

北魏国以古代六卿的模式为依据，设置了六个谒官。

九月，东晋给事中刁骋图谋反叛，被诛，刁氏家族于是灭亡。刁氏向来很富有，家奴和食客到处横行，将山货和水产全部垄断控制，在京口是一大祸患。刘裕把他家所有的财产积蓄都散发给百姓，让他们尽可能来拿，一整天仍然没有拿完。当时正好地方在闹饥荒，民众凭借这些钱财才渡过难关。

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