慕容超担心自己遭到后秦的扣押，于是装得很疯癫，到处乞食过活。后秦国的人都认为他很下贱，藐视他，只有东平公姚绍见到他后，觉得他与常人不同，向后秦王姚兴进言说：“慕容超身材魁伟，器宇不凡，恐怕并非真疯，希望您能稍微给他一个很小的官职，留住他。”姚兴将慕容超召来相见，与他交谈，慕容超故意回答错误，或者干脆不回答问题。姚兴对姚绍说：“谚语说‘好皮不会包着蠢骨头’，这真是胡说。”便把他放了出去。

慕容备德得知后秦有一个慕容纳的遗腹子，便派济阴人吴辩前去调查。吴辩由于同乡人宗正谦在长安凭借占卜算卦谋生，便通过他联系到了慕容超。慕容超不敢向母亲及妻子告知这个消息，只有悄悄改名换姓与宗正谦逃回到南燕。他们路过梁父时，镇南长史悦寿把消息对兖州刺史慕容法说了。慕容法说：“从前在汉代时有个卜卦的人诈称自己是卫太子，如今怎么知道这个人不是这种的骗子呢？”于是对慕容超不是很恭敬，慕容超从此与慕容法不和。

慕容备德得知慕容超已到，十分高兴，派骑兵三百名前来迎候。慕容超来到广固，向慕容备德献出那把金刀，慕容备德失声恸哭，十分悲痛。将慕容超册封为北海王，任命他担任侍中、骠骑大将军、司隶校尉、开府职务，并精心挑选一时的贤俊与英杰，充当僚属辅佐他。慕容备德没有儿子，希望慕容超成为自己的后嗣，以后继承王位。慕容超到宫中侍奉叔父，令叔父高兴，到宫外办事也可以礼贤下士。从此，慕容超得到了朝廷内外的美誉和声望。

五月，桂阳太守、章武王司马秀与益州刺史司马轨之图谋反叛，遭到诛杀。司马秀的妻子是桓振的妹妹，因此他自己怀疑被牵连，干脆反叛。桓玄的余党桓亮、苻宏等人，裹胁百姓对地方郡县发动了数十次侵犯和捣乱，刘毅、刘道规、檀祗等人分别领兵将剿灭了他们，荆、湘、江、豫等处的局势全都得到平定。朝廷颁布诏令，将刘毅任命为都督，管理淮南等五郡军事、豫州刺史，将何无忌任命为都督江东五郡军事、会稽内史。

北青州刺史刘该反叛，勾结北魏作为自己的外援，清河、阳平两个郡的太守孙全起兵与他呼应。六月，北魏豫州刺史索度真与大将斛斯兰攻打徐州，包围进攻彭城。刘裕派其弟南彭城内史刘道怜与东海太守孟龙符率军前往援救，将刘该和孙全斩杀，北魏军队被打败，于是退走。孟龙符是孟怀玉的弟弟。

后秦陇西公姚硕德讨伐仇池，多次将杨盛的军队打败。将军敛俱进攻汉中，将成固攻克，将三千多家流民迁徙到关中。秋季七月，杨盛请求向后秦投降。后秦将杨盛任命为都督，管理益、宁二州各军务、征南大将军、益州牧。

刘裕派使节求和于后秦，并要求将南乡等几个郡归还，后秦王姚兴同意了。姚兴的大臣们都认为不能这样，姚兴说：“天底下的善行都是一样的。刘裕出身于社会最底层，能够将桓玄讨伐诛杀，使晋室重新振兴，对内部日常政务进行整顿，对外面的封地疆土核查勘定，我怎么能因为对几个郡感到可惜，便不让他的好事得到成全呢？”于是将南乡、顺阳、新野、舞阴等十二个郡割让出去，归还给东晋。

八月，后燕辽西太守邵颜有罪，逃走成为盗贼。九月，中常侍郭仲出兵讨伐并杀掉了他。

汝水干枯，南燕国主慕容备德为这件事非常焦虑，不久便生了病，卧床不起。北海王慕容超请求为这事祈祷，慕容备德说：“身为人主，他寿命的长短，都是上天决定的，并非汝水可以控制。”慕容超多次请求，慕容备德都没有答应。

戊午日，慕容备德将群臣召集到东阳殿，商量将慕容超册立为太子。不巧突然发生了地震，群臣十分害怕，慕容备德心中也感到非常不安，于是返回宫中。当天夜间，他的病情更加严重，双眼紧闭，说不出话。段后向他大声说：“现在将书官召入宫中写诏书，把慕容超立为太子，可以吗？”慕容备德把眼睛睁开点了点头。于是，将慕容超册立为皇太子，宣布大赦。慕容备德不久便亡故了。他们做了十几个相同的棺材，在夜间，分别抬着从四个城门出去，在不同的地方埋下，暗中却把真的棺木在山谷中秘密安葬。

己未日，慕容超即位称帝，宣布大赦，将年号改为太上。将段后尊奉为皇太后。将北地王慕容钟任命为都督中外诸军事、录尚书事，将慕容法任命为征南大将军并管理徐、兖、扬、南兖四州诸军事，将慕容镇加封为开府仪同三司，将尚书令封孚任命为太尉，将鞠仲任命为司空，将封嵩任命为尚书左仆射。癸亥日，在东阳陵安葬了未装慕容备德尸体的空棺，将他追谥为献武皇帝，以世宗为庙号。

慕容超把他从前的亲信公孙五楼当成知己。慕容备德从前的大臣北地王慕容钟与段宏等都在心中觉得不安，请求前往外地任职。慕容超将慕容钟任命为青州牧，将段宏任命为徐州刺史。又将公孙五楼任命为武卫将军，兼任屯骑校尉，参与国家政务的处理。封孚劝他说：“臣下听说，不能将亲人排斥到外地，不能将客人请进内室。慕容钟是国家皇族的重要大臣，政权对他有所依靠；段宏，在外戚中有很好的名声，百姓也对他十分景仰。正应当让这些人协助并带领文武百官，对陛下进行辅佐，而不应当将他们派到遥远的外地镇守。如今，慕容钟等到外地守边，公孙五楼却留在朝中充任辅臣，臣下心里认为不妥。”慕容超不接受他的建议。慕容钟和段宏都心中不平，与对方说：“黄狗的皮毛，恐怕终会用来补狐皮衣服了。”公孙五楼听到了这句话，怀恨于心。

东晋魏咏之辞世，江陵令罗脩图谋发动兵变攻打江陵，将王慧龙拥立为首领。刘裕将并州刺史刘道规任命为都督荆、宁等六州诸军事、荆州刺史。罗脩没有足够的时间反叛，只好随同王慧龙逃往后秦。

后秦归义侯乞伏乾归征讨仇池，在与杨盛的战斗中被打败。西凉公李暠同长史张邈商量，迁都酒泉，以此对北凉国沮渠蒙逊加以逼近，于是将张体顺任命为建康太守，在乐涫镇守，将宋繇任命为敦煌护军，与其子敦煌太守宋让共同镇守敦煌，于是迁都酒泉。

李暠用亲手书写的手谕对他的几个儿子提出告诫：“处理政务的人应当非常谨慎地进行奖赏或惩罚，千万不能以个人的爱憎为依据，与忠直正派的人接近，对奸佞阿谀的小人疏远，不要让自己身边亲近的人在暗中操纵权力，擅作威福。别人对你毁谤或者赞誉的时候，应当认真琢磨辨别真伪。听取讼诉，决断案情，务必和颜悦色地以规章情理为依据仔细处置，绝对不要预先怀疑对方有奸诈之心，主观臆断，草率地发脾气。要尽量广泛向别人征求意见，不能个人独断专行。我从政已经五年，虽然说不上让百姓得到了很好的休养生息，然而，我对别人的错误尽量宽容，对别人的缺点加以掩饰，因此才使早上还是对手、仇人的人，到了晚上便可能变成知心朋友。总的来说，对那些新知旧友没有什么对不起他们的地方，因为我对事情处置公平，心怀坦荡，不出现偏差，绝对不许由于个人的意见有所变更。这么做，以眼前的利益来判断，似乎是要受到些损失，然而时间久了，好处才能显现出来，也只有这么做，我才可以说无愧于前人。”

十二月，后燕王慕容熙攻打契丹。

二年（丙午，公元406年）

春季正月甲申日，北魏国主拓跋珪到达豺山宫。下令每个州设置刺史三名，每个郡设置太守三名，每个县设置令长三名。其中，刺史和令长等分别前往所在州县上任，太守虽有设置但并不上任，有功的大臣治理州所的，都受到征召返回京师，保持各自的爵位归家。

益州刺史司马荣期在白帝向西蜀政权的谯明子发动进攻，将其攻破。

后燕王慕容熙来到陉北，由于担心契丹部落人多，想要返回，然而苻皇后并不听从。戊申日，慕容熙不得不放弃笨重的军用物资，轻装攻打高句丽。

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