西秦王乞伏乾归进攻后秦金城郡，攻克该城。

夏王刘勃勃下令让尚书胡金纂攻打平凉。后秦王姚兴领兵前往平凉援救，进攻并杀掉胡金纂。刘勃勃又派其侄、左将军刘罗提攻打定阳，攻克之后，将虏获的四千多人活埋。后秦将领曹炽、曹云及王肆佛等分别带领几千户边民向内地迁徙，姚兴在湟山和陈仓安置了这些人。刘勃勃入侵陇右，攻破白崖堡，接着直奔清水。略阳太守姚寿都丢下城池逃走，刘勃勃把迁移那里的一万六千户居民迁往大城。姚兴从安定领兵出发前往追击，到寿渠川时还没有追上，只好撤兵。

起初，南凉王秃发傉檀命令左将军枯木等领兵征伐沮渠蒙逊，对临松的一千多户居民实施抢掠后回师。沮渠蒙逊进攻南凉，到达显美，也将数千户居民迁移回去。南凉太尉秃发俱延再次攻打沮渠蒙逊，却战败而归。那个月，秃发傉檀亲自统率骑兵五万进攻沮渠蒙逊，双方在穷泉展开激战，结果，秃发傉檀被打得大败，单身匹马逃回。沮渠蒙逊乘胜进兵，将姑臧包围，姑臧人担心再像王钟那样受到牵连，全都惊恐溃逃，一万多户夷族和汉人投降沮渠蒙逊。秃发傉檀极为惊惧，派司隶校尉敬归和及其子敬佗前往沮渠蒙逊处充当人质，以此请和，沮渠蒙逊同意了。敬归途经胡阬时，找机会逃了回来，敬佗却又被追兵捉住。沮渠蒙逊迁走了当地总共八千多户的百姓。此时南凉右卫将军折掘奇镇又占领石驴山发动叛乱。秃发傉檀既担心被沮渠蒙逊威胁逼迫，又害怕折掘奇镇将整个岭南地区控制住，于是被迫将都城迁到乐都，将大司农成公绪留在姑臧镇守。秃发傉檀刚到城外，魏安人侯谌等人便将城门关闭叛变，集合部众三千多家，占据南城，将焦朗推举为大都督、龙骧大将军，侯谌以凉州刺史自称，投降了沮渠蒙逊。

刘裕抵达下邳，用船只装载军队的物资，自己则率领精锐部队步行往回赶。到山阳后，得知何无忌兵败战死，担心都城被攻陷，命令军士将铠甲脱掉，急行军，自己先与数十人赶到长江北岸，向过路人打听朝廷的消息。过路人说：“敌军还没有来到这里，要是刘公回来了，就没有什么可担心的了。”刘裕十分高兴。他打算渡江，然而风太大，人们都说有很大的困难。刘裕说：“若是天公有意帮助我们的国家，风就应当自动停止。若并非如此，翻船淹死又有什么损失呢？”于是下令上船，船刚刚开动，风真的就停了。渡长江之后，来到京口，于是人们安下心来。夏季四月癸未日，刘裕抵达建康。由于江州已被攻陷，他上表将印信交回，安帝下诏不予批准。

青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩及并州刺史刘道怜，分别带领军队到达建康守卫。刘藩是豫州刺史刘毅的堂弟。刘毅得知卢循带兵来犯，正打算发兵抵抗之时，自己却生了病。等到病好，即将出发。刘裕写信给他说：“我与这伙强盗交战多次，了解他们狡猾多变。这次，他们刚刚获得了侥幸的胜利，不能轻视他们的气焰及实力。如今，我们很快就要完成修缮战船的工作，自当与老弟共同起兵。等到将敌人扫平，管辖长江上游的重任，就全都交给你了。”又派刘藩去他那里暂时阻止他行动。刘毅十分愤怒，对刘藩说：“从前我们只是因他有些许功劳，将他推举为临时的盟主罢了，你就认为我真的不如刘裕吗？”把刘裕的信扔到地上，率领水军两万从姑孰出发。

卢循当时进犯北方时，命令徐道覆攻打寻阳，自己为攻打湘中地区各郡做准备。荆州刺史刘道规派军队与他们作战，在长沙失败。卢循进军到巴陵，打算直奔江陵。徐道覆得知刘毅即将攻来，派信使快马向卢循报告说：“刘毅的军队十分强大，我们成功与否，就取决于这次战斗，因此，应当齐心协力将他打败。要是这次能够获胜，那么，江陵就无需担忧了。”卢循当天就从巴陵出发，同徐道覆合兵一处，接着顺流而下。五月戊午日，刘毅同卢循交战于桑落州，结果刘毅的军队失利。他丢下船只，只带领数百名下属步行逃脱，其余的士兵全都被卢循抓住，被他们丢弃的军事物资堆积得像小山一样。

起初，卢循到达寻阳时，得知刘裕已经返回，还不是很相信。将刘毅的军队击败之后，才通过俘虏确认了这个消息，他和他的党羽们彼此对视面色大变。卢循准备退回寻阳，攻占江陵，占据荆州、江州两个州来对抗朝廷。徐道覆则认为应当乘胜径直攻打，并坚持自己的看法。卢循犹豫了几个月，才接受了他的建议。

己未日，东晋宣布大赦。刘裕招募百姓充当兵卒，酬赏的数量与从前从京口发兵讨伐桓玄时所酬赏的数量一样。又发动百姓建造石头城。有人评论说，应该将兵力分出到各个交通要道镇守，刘裕说：“敌人军队人多，我们军队人少，如果将兵力分开据守各地，就容易让敌人看清我们的实力，况且如果一个地方失利，就会使全体军队的士气受到打击。如今我们把所有军队都聚集在石头城，以情况的需要为依据，随机应变，如此，既可以使敌人不能预测到我们的实力，又可以使军队的力量不被分散。若是各地军队的辗转集结都很及时，那就以后再讨论吧。”

朝廷得到刘毅大败的消息，人心恐惧不安。此时北伐的军队返回，将士或受伤或生病，而留在建康的兵卒又不足几千人。卢循把江州和豫州攻下后，战士已有十多万，战船战车连延百里不绝，大的楼船有十二丈高。官军被打败后跑回来都争相传说敌兵十分强盛。孟昶和诸葛长民打算护卫安帝渡过长江退到北方，刘裕不赞成。起初，何无忌同刘毅与从南方袭来的敌军交战时，孟昶预测他们必然失败，之后果然被打败了。到了此时，他又认为刘裕必然不能抵挡卢循的进攻，大家对他的话都很相信，唯独龙骧将军、东海人虞丘进在朝廷中对孟昶等人加以驳斥，认为不是那样的情况。中兵参军王仲德向刘裕进言说：“明公您接受上天的任命辅佐国家，又刚建立了伟大的功业，声威使天下震动。这些妖贼在我们国内空虚时，公开进犯，得知您带兵得胜归来，必然奔逃溃散。要是我们自己先跑了，那么其实就与一个没用的蠢材相同了，蠢材的命令，怎么可以建立威信呢？如果采纳了这个渡江避难的建议，就请您同意我就此告辞。”刘裕十分高兴。孟昶一直对自己的请求表示坚持，刘裕说：“如今，我们的重要藩镇在外地被打败，强大的敌人又一步步逼近，人们心中惊恐难安，缺乏坚定的信心。要是我们向北移动，就必然土崩瓦解，又怎么能赶得到长江北面！就算到了那里，也只不过拖延一些时日而已。如今，我们的兵士虽然不多，却也足以最后决战一次，假如真能克敌制胜，那我们君臣共同庆祝，要是恶运一定要来，我也应当在晋室宗庙前死去，实现我以身报国的长期志向，但决不能逃到荒草林野以使个人性命保全。我已经下定决心，你无需多说！”孟昶由于自己的建议不被接受而恼羞成怒，又因为认定自己一定会失败，因此请求先杀掉自己。刘裕生气地说：“你把这一仗打完，再死也来得及！”孟昶知道刘裕必然不会采纳他的意见了，于是将奏表呈上，表明自己的观点：“您北伐之时，文武百官都不赞成，只有我支持您出兵的计划，导致强大的敌人乘虚而入，威胁到国家的安全，我承担这个罪过。我只好责罚自己以告慰天下人。”封上奏表后，就喝下毒药自杀了。

乙丑日，卢循的军队来到秦淮河口，朝廷都城内外严加戒备。琅邪王司马德文都督宫城各项军务，在中堂大殿居住处理军务，刘裕则驻扎在石头，其他各位将领分别都有自己的防区。刘裕之子刘义隆只有四岁，刘裕派谘议参军刘粹辅佐他，在京口镇守。刘粹是刘毅同门的族弟。

刘裕见有许多百姓站在江边向江中的敌军观望，感到很奇怪，向参军张劭询问这是什么原因，张劭说：“假如您没有回来，百姓奔逃溃散还来不及，又如何会站在那里观望呢？此时自然是不再害怕了。”刘裕对将领们说：“贼兵要是从新亭直接攻击，那么他们就有不可阻挡的锋芒，应当暂时回避，胜负也就不容易预测了。他们要是回到西岸去停泊，就能够擒获了。”

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