徐道覆请求从新亭向白石进军，然后将战船烧掉登陆，分几路进攻刘裕。卢循希望尽可能保险，同徐道覆说：“我们的大队人马还没有到，只听到孟昶因为害怕而自杀，以大趋势来判断，敌人几日内自然会溃乱。此时，胜负的决定也就是一个早上的事，一味依靠侥幸到战场上投机取利，既不是一定能打败敌人的办法，又会使我的士兵受损，我认为更应按兵不动，等他们上来。”徐道覆由于卢循疑心过重又决断不足，于是叹着气说：“我最终会被卢公耽误，事情一定无法成功。如果我能有幸受到一位英雄的驱使而奔波，早就将天下平定了。”

刘裕来到石头城上，远望卢循的军队，开始时看到他们向新亭方向移动，刘裕向左右随从看去，脸色略变。后来他看到敌军船只返回蔡洲停泊下来，这才变得高兴。于是，他调动各路军队转移聚集。刘裕担心卢循突然发起攻击，因此采纳了虞丘进的建议，砍伐树木在石头城和秦淮河口等处全都树立栅栏。同时，他派人对越城尽快修缮，修建查浦、药园、廷尉三座堡垒，都派兵驻守在那里。

刘毅被打败后，从蛮族和汉族地区穿过，历尽艰险，仅仅使自己保全了性命，跟随他的人又饿又累，十个人中也有七八个死去。丙寅日，终于返回建康，等候治罪。刘裕对他多加鼓励和安慰，并任命他为知中外留事。刘毅请求贬谪自己，安帝下诏降其职为后将军。

北魏长孙嵩讨伐柔然，抵达大漠以北才返回，柔然军在牛川追上并包围长孙嵩的军队。壬申日，北魏国主拓跋嗣向北行军攻打柔然。柔然可汗郁久闾社仑得知这个消息后，急忙逃跑，结果在路上死去。他的儿子郁久闾度拔还年幼，大臣们于是拥立郁久闾社仑之弟郁久闾斛律，称为蔼豆盖可汗。拓跋嗣率军返回参合陂。

卢循在秦淮口南岸布置了伏兵，派一些老弱将士乘船向白石进发，并声称全部大军打算从白石登岸作战。刘裕将参军沈林子、徐赤特留在南岸戍守，将通往查浦的交通切断，命令他们在阵地坚守，不许轻举妄动。刘裕与刘毅、诸葛长民等向北进军迎战敌军。沈林子说：“贼兵说假话，却未必真这样做，应当严加防备。”刘裕说：“石头城有险峻的地势，淮口的栅栏也十分坚固，让你在后方，完全可以守住。”沈林子是沈穆夫的儿子。

庚辰日，卢循将查浦放火烧毁，率军来到张侯桥。徐赤特打算迎战，沈林子说：“贼兵号称去了白石，却多次到此处挑战，我们可以料到他们的险恶用心。我们军队的人少不能抵敌，还是在险要地带坚守，等待大军回来更好。”徐赤特并未听从，于是出兵迎战，突然有敌兵的伏兵出现，徐赤特惨败，乘着一条船向秦淮河北岸逃去。沈林子及将军刘钟凭借栅栏据守，奋力作战，朱龄石又率领援军赶来，敌军才撤退返回。卢循率领一支精锐的军队急进，来到丹阳郡。刘裕率领几路军队立即返回石头，将徐赤特斩杀，休息了很长的时间，才领兵到南塘排列战阵。

六月，刘裕被任命为太尉、中书监，加授黄钺。刘裕接受黄钺，却坚决推辞其他的职位。朝廷又将车骑中军司马庾悦任命为江州刺史。庾悦是庾准的儿子。

反叛的将领司马国璠与他的弟弟司马叔璠、司马叔道前往后秦投奔。后秦国王姚兴说：“刘裕刚刚将桓玄剿灭，辅佐晋朝宗室，是什么原因让你们还要来这里？”这二人回答说；“刘裕使王室的力量被削弱，如果我们宗族中出现发奋自立的人，常常都遭到刘裕的铲除。他这样实际是为国家造成祸患，甚至超过桓玄。”姚兴将司马国璠任命为扬州刺史，将司马叔道任命为交州刺史。

卢循对几个县进犯和掠夺，一无所获，和徐道覆说：“军队出来已经太久，十分疲惫，我看不如返回寻阳，合力将荆州攻克，这样，我们占据了天下的三分之二，便可逐渐地再与建康的东晋朝廷相抗衡了。”秋季七月庚申日，卢循从蔡洲向南退兵返回寻阳，将他的部将范崇民留在南陵带领五千人镇守。甲子日，刘裕命令辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩和中军谘议参军孟怀玉等人领兵追击卢循。

乙丑日，北魏国主拓跋嗣返回平城。

西秦王乞伏乾归对越质屈机等十多个部落进行征讨，将当地的两万五千名士民收降，并将他们迁到苑川居住。八月，乞伏乾归将苑川恢复为自己的都城。

北凉王沮渠蒙逊进攻西凉，在马庙将西凉公李暠的嫡长子李歆打败，把西凉将领朱元虎抓住，退军。西凉公李暠用白银两千斤、黄金两千两去赎朱元虎。沮渠蒙逊归还了朱元虎。于是，与李暠缔结联盟后便返回了。

刘裕返回东府，加大力度建设水军。他命令建威将军会稽人孙处和振武将军沈田子统率三千部众绕道海上前去攻打番禺。沈田子是沈林子的兄长。大家都觉得海上行军艰难遥远，到达那里的任务很难完成，而且将现有兵力分出去攻打番禺，也并非当务之急。刘裕却不这样看，对孙处下令说：“朝廷的大队人马在十二月初必然会战胜贼兵，你到那时，首先将他们的老窝捣毁，让他们逃走也没有归所。”

西蜀谯纵派侍中谯良等人前往后秦诣见，请求派兵讨伐东晋。谯纵将桓谦任命为荆州刺史，将谯道福任命为梁州刺史，统领两万人的军队攻击荆州。后秦王姚兴命令前将军苟林统率骑兵同他们会合。

江陵从卢循东下之日起，就再也不能从都城建康得到消息，所以强盗蜂拥而起。荆州刺史刘道规命令司马王镇之统率天门太守檀道济和广武将军彭城人到彦之进兵前往京都建康救援。檀道济是檀祗之的弟弟。

王镇之抵达寻阳，与后秦将军苟林交战失利。卢循得知这个后，将苟林任命为南蛮校尉，将部分兵力分给他统辖，让他乘胜攻打江陵，并声称徐道覆已经将建康攻克。桓谦在路上将一些重恩义的旧部下召集起来，有两万人投奔他。桓谦在枝江屯扎，苟林在江津屯扎，这两支军队相互逼迫，江陵城中的许多士人百姓为此做好了另外打算。刘道规于是集合将士，对他们说：“桓谦如今就在不远的地方，听说先生们很多都想要去投靠他，我们这些从东方过来任职的文武官员完全有能力应付各种事变。要是有离开的打算，我绝不阻拦。”于是，当天夜里将城门打开，直到早上也并未关闭。人们都非常害怕佩服，没有离去的人。

雍州刺史鲁宗之统率数千部众从襄阳赶往江陵。有人说，鲁宗之的目的还预料不出，但刘道规却单人匹马前往迎接，鲁宗之很感动和高兴。刘道规请鲁宗之在这里留下坚守，把他当成心腹，自己则统率数支军队攻打桓谦。众将领都说：“这次您前往很远的地方攻打桓谦，是否能胜利还说不准。苟林就在不远的江津，等待我们的行动，假如他来进攻这座城，鲁宗之也未必能守住。若是有什么闪失，那么，我们就会陷入很糟糕的境地。”刘道规说：“苟林蠢笨懦弱，并没有新奇的计谋，他觉得我离开得不远，必然不敢攻城。我这次攻打桓谦，一到那里便能取胜，就在敌人犹豫疑虑之时，我已然返回。桓谦被打败，苟林就会被吓破了胆，怎么还有闲心来这里！况且鲁宗之独自率军队坚守此处，怎么会连几天都不能支持！”于是他火速发兵进攻桓谦，水军和陆军一齐发动。桓谦几乎动用所有的水师船队，以步兵和骑兵进行配合，双方会战于枝江。檀道济率先冲锋陷阵，桓谦的军队被打败。桓谦乘坐一条船到苟林处投奔，刘道规追上并杀死他。他们又回师，抵达涌口，攻打苟林，苟林逃走，刘道规命令谘议参军临淮人刘遵率众人前去追赶。起初，桓谦来到枝江时，江陵的各阶层百姓都写信给桓谦，把城内的情况告诉他，打算在桓谦攻城时充当内应。到此时，在桓谦大营将那些信搜查到，刘道规却命令人烧掉所有的信，一封都没看，众人从此非常安心。

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