陈主惊惶失措，想要藏匿，袁宪严肃地说：“隋军侵入皇宫后，一定不会对陛下有所侵犯。事情已经如此，陛下还能躲到哪里去呢！臣希望陛下穿戴整齐，端坐正殿，效仿当年梁武帝见侯景的旧例。”陈主没有听从，下了床榻，飞奔而去，并说：“刀刃之下，不能拿性命相搏，我自有我的计策！”于是跟着十多名宫人逃出后堂景阳殿，准备往井里跳，袁宪苦苦劝谏，陈主不听；后舍人夏侯公韵用自己的身体挡住井口，陈主同他极力相争，争了很久，才得以跳入井里。后来，有隋朝兵士向井里窥视，并大声喊叫，见无人回应，就扬言要落井下石，这才听到井下有人呼喊；于是抛下绳子往上拉人，感到非常沉重，等到把人拉了上来，见是陈主与张贵妃、孔贵嫔三人同一条绳子吊上来，而沈皇后仍然如同平常一样，一点也不惊慌。皇太子陈深当时只有十五岁，关上门而坐，太子舍人孔伯鱼在一旁侍候，隋军兵士推门进入，陈深端坐没有起来，慰劳他们说：“你们一路上鞍马劳顿，岂不是很劳苦！”隋军兵士都纷纷向他表示敬意。当时陈朝的宗室王侯在建康城中有一百多人，陈主担心他们发动政变，就把他们全都召入宫里，命令他们都集居在朝堂，派遣豫章王陈叔英总管他们，并且暗中严加防备，等到台城失守之后，都争相投降。

贺若弼领兵乘胜到达乐游苑，鲁广达仍然督率残余的军队苦战不止，杀死、俘虏的隋军有数百人，正巧天色渐黑，鲁广达才解下战甲，面向台城拜了两拜，忍不住大声痛哭，对部下说：“我没能够拯救国家，背负的罪过是多么深重啊！”部下也都悲哭流涕，于是全被隋军俘虏。台城的宫门卫士全都四散逃走，贺若弼领兵在夜间烧毁北掖门，进入皇宫，听说韩擒虎已经抓住陈叔宝，就把他叫来察看，陈叔宝惊惶恐惧，汗流浃背，浑身发抖，向贺若弼拜了两拜。贺若弼对他说：“小国的君主相当于大国的卿大夫，跪拜是符合礼节的。阁下入朝之后仍不失做一个归命侯，所以不必害怕。”过后，贺若弼因耻于功劳在韩擒虎之下，便与韩擒虎争吵詈骂，拔刀而出，想要让陈朝前吏部尚书蔡徵替陈叔宝起草降书，命令他乘坐骡车归属自己，但是没有实现。于是贺若弼将陈主安排在德教殿内，派兵守卫。

隋高颎率先进入建康，当时高颎的儿子高德弘担任晋王府记室参军，杨广便派他骑马来见高颎，下令留下张丽华，高颎说：“从前姜太公吕尚蒙面斩杀妲己，如今岂能留下张丽华！”于是在青溪把张丽华斩首。高德弘回去报告杨广，杨广变了脸色，说：“过去有人说，‘没有一个恩德是不回报的’，我一定有办法回报高公！”因此杨广忌恨高颎。

丙戌日，晋王杨广进入建康，因为施文庆接受委命，却不忠心国事，想方设法谄媚为奸，来蒙蔽君主的耳目；沈客卿重赋厚敛，剥削百姓，来取悦君主，与太市令阳慧朗、刑法监徐析、尚书都令史暨慧都是祸国殃民的奸臣，把他们斩杀在石阙下，来向三吴地区的百姓谢罪。杨广又派高颎与元帅府记室参军裴矩一起收拾南陈的地图与户籍，封锁府库，金银财物一文不取，天下的人都称颂杨广，认为他非常贤明。裴矩是裴让之弟弟的儿子。

晋王杨广因为贺若弼提前与陈朝军队决战，违抗了军令，将他收捕，送交给执法官吏治罪。隋文帝派遣驿使传召贺若弼入朝，并诏令杨广说：“这次平定江表，是贺若弼和韩擒虎两人的功劳。”并赏赐贺若弼布帛等物一万段；后来又赐给贺若弼与韩擒虎诏书，称赞他们的功绩。

开府仪同三司王颁是王僧辩的儿子，夜里，他掘开陈高祖的陵墓，将尸骨焚毁，并把骨灰撒入水中，然后喝下。然后又将自己捆绑起来，向晋王杨广认罪。杨广把此事上报给隋文帝，隋文帝诏命宽赦了他。隋文帝又下诏令给陈高祖、陈世祖、陈高宗的陵墓安排五户守陵人，分别负责守护陵墓。

隋文帝派遣使者把陈朝灭亡的消息告诉给许善心，许善心穿着丧服在客馆西边的台阶下大声哭泣，并在铺有干草的地上面向东坐了三天；隋文帝下敕书向他表示吊慰。第二天，隋文帝诏令他到客馆，拜为通直散骑常侍，并赏赐朝服一套。许善心哭得非常伤心，进屋把丧服脱掉，穿上朝服，然后走出来，面向北方站立，流着眼泪跪拜受诏，第二天才上朝，见到隋文帝，伏在殿下哭泣，悲哀不已，不能站立。隋文帝回头看着左右的朝臣说：“我平定陈国，只获得此人。他既然能怀念旧日的国君，也一定会是我的忠臣。”于是敕令许善心以散骑常侍属门下省。

陈朝水军都督周罗睺与郢州刺史荀法尚领兵防守江夏，秦王杨俊督统三十位总管，水陆大军共计十多万人，屯守在汉口，不能向前推进，双方对峙了一个多月。陈荆州刺史陈慧纪派遣南康内史吕忠肃领兵屯守在岐亭，据有巫峡，并在长江北岸穿凿岩石，跨江面结成三条铁锁链，横截在上流，来遏阻隋军的船只。吕忠肃还拿出全部私人财产充当军饷。元帅杨素、大将军刘仁恩指挥隋军猛烈地攻击陈军，前后交战四十多次，吕忠肃据守险要之处，全力抵抗，隋军士兵阵亡了五千多人，陈军将士把他们的鼻子都割下拿着，以便邀功请赏。随后隋军数次得胜，俘获了一些陈军士兵，又分三次把他们释放了。吕忠肃放弃营栅，率领部队逃走，杨素得以慢慢地毁掉跨江锁链。吕忠肃又据守荆门的延洲，杨素派遣居住在巴中一带的蜑族士兵一千人，乘坐四艘五牙战舰，用拍竿击毁了十多艘陈朝战船，于是大败陈军，俘虏两千多名士兵，吕忠肃侥幸只身逃跑。南陈信州刺史顾觉率领军队驻守在安蜀城，得到消息后弃城逃跑。陈慧纪屯守公安，把物资储备全部烧毁，率领军队顺流东下，于是巴陵以东的地区不再有守城的军队。陈慧纪率领三万将士，一千多艘楼船，顺流而下，本来想要进入建康救援，因为受到元帅秦王杨俊的阻挡，不能前进。这时，陈朝晋熙王陈叔文被罢免湘川刺史返回建康，到达巴州，陈慧纪便推举陈叔文为上游各军的盟主。但陈叔文已经率领巴州刺史毕宝等人送信给秦王杨俊请求投降，秦王杨俊派遣使者前来迎接并慰劳他们。当时恰逢建康被平定，于是晋王杨广下令陈叔宝亲自写信招降陈军上江诸位将帅，并派遣樊毅去拜访周罗睺，派遣陈慧纪的儿子陈正业去看望陈慧纪，传达晓谕旨意。当时各城陈军都解除武装，周罗睺便与诸将帅大哭了三天，然后解散了军队，向秦王杨俊投降，接着陈慧纪也投降了，于是上江地区就全部平定了。杨素领兵顺流而下，到达汉口，与秦王杨俊会合。蕲州总管王世积率领军队屯守在蕲口，听说陈朝已经灭亡，就派人晓谕江南各郡，于是陈朝江州司马黄偲弃城逃走，豫章诸郡太守都向王世积投降。

癸巳日，隋文帝诏令派使者巡察安抚陈朝各州郡。二月乙未日，隋朝废除淮南行台省。

纳言苏威上奏请求每五百家设置一名乡正，负责治理百姓，审理诉讼纠纷。内史令李德林认为：“原本废除乡官判事审理讼案的权力，是因为他们与案件当事人是乡里乡亲，导致审判不公平，如今却令乡正专治一乡五百家，恐怕危害更加严重。况且一些偏远荒僻的小县，百姓不满五百家，难道可以让两个县共同管理一个乡！”隋文帝不加听从。丙申日，下制书说：“百姓五百家为乡，设置乡正一人；一百家为里，设置里长一人。”

陈朝吴州刺史萧很得民心，陈朝灭亡后，吴地百姓拥立他为首领，右卫大将军武川人宇文述督统行军总管元契、张默言等前去征讨。这时落丛公燕荣带领水军从东海赶来参战，陈朝永新侯陈君范出晋陵，前往投奔萧，联合兵力抗拒宇文述。宇文述的军队将要到时，萧在晋陵城东面立起栅栏，留守军队抵抗宇文述，并派遣部将王褒防守吴州，自己则率领军队从义兴进入太湖，想要从背后突袭宇文述的军队。宇文述进兵攻破了晋陵城东的栅栏，然后调转兵力攻打萧，把萧打得大败；后又派遣军队从另外一条路攻打吴州，王褒换上道士的服装弃城逃走。萧率领残余部众退守包山，又被燕荣打败了。萧带着身边的几个人藏匿在百姓家中，最终还是被人抓住了。宇文述率领军队进军到奉公埭，陈朝东扬州刺史萧岩献出会稽城投降，后来与萧一起被送到长安斩首。

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