文帝派遣司农卿赵仲卿前往益州彻底追查杨秀的犯罪事实，杨秀的宾客曾经去过的地方，赵仲卿一定苛刻地用法律条文来追究，罗织成罪，导致州县长吏有大半都受到牵连而被定罪。文帝认为赵仲卿很能干，赏赐他丰厚的财物。

很久以后，贝州长史裴肃派遣使者上奏书说：“高颎凭借天生的突出才能，成为辅佐王命的元勋，受到人们的妒忌，以至于被废黜舍弃；希望陛下记取高颎的大功，忘掉他的微小过错。再者，杨勇、杨秀这两个被废黜为民的人获罪已经很久了，他们难道没有改过的心意！希望陛下弘扬君父的慈心，顾念父子天性的道义，每人封一个小国，观察他们的行为：如果能够变好，就慢慢地改变他们的地位；如果仍然不悔改，再贬位削名也不晚。如今永远断绝他们改过自新的道路，惭愧悔恨的心意不能体现出来，岂不是很悲哀！”奏表呈上去后，文帝对杨素说：“裴肃忧虑我的家事，这是至诚之心。”于是征召裴肃入朝。太子杨广听说了，对左庶子张衡说：“让杨勇改过自新，想要做什么？”张衡说：“我观察裴肃的意思，是要让他像周代吴国的太伯、汉代的东海王。”裴肃到达京师，文帝当面告知他杨勇被疯鬼附身不能再复原的情况，把他打发回去了。裴肃乃裴侠的儿子。

杨素的弟弟杨约与叔父杨文思、杨文纪、同族的伯父杨忌都位居尚书、列卿，他们的儿子没有建立什么功劳，却位居柱国、刺史；他们广营资产，从京师到各地的都会，都设置有邸店、磨坊、丰腴的田产和宅第，多得数不胜数；家中的奴仆有几千人，后院穿着华丽罗绮的歌妓、姬妾也有数千人；宅第华丽奢侈，规制制度足以和皇宫禁城相比；亲戚、旧部下都安排在显要位置。杨素既然已经废黜了一个太子、一个王，声威权势更加显赫。朝臣有违抗他们的，甚至遭到诛灭的命运；攀附他们的人和他们的亲朋故旧，即使没有才干，也一定任用提拔；朝廷内外的人都望风屈服于杨家的势力，没有不畏惧、依附杨素的。敢于同杨素对抗而不屈从的，只有柳彧与尚书右丞李纲、大理卿梁毗而已。

起初，梁毗担任西宁州刺史，共任职十一年。西宁州的蛮夷酋长都把金子多的人视为豪强俊杰，他们互相攻击夺取，简直没有安宁的岁月。梁毗对此深感忧虑。后来因为各酋长竞相赠送金子给梁毗，梁毗便把金子放在座椅旁边，对着金子痛哭，并且说：“金子这种东西饿了不能吃，冷了不能穿，你们为了它而相互攻杀，争战多得不可胜数，如今你们送金子来，是想要杀我啊！”丝毫不予接纳。那些蛮夷人因此受到感动而醒悟，不再互相攻击了。文帝听了很高兴，征调梁毗为大理卿，梁毗到任后执掌司法公平允正。

梁毗看到杨素专权，担心他终究成为国家的祸患，于是给文帝上了一封密奏说：“我听说人臣一定不能假借权势来欺压别人，从而损害你的家，残害你的国。我私下看到左仆射越国公杨素日益得到主上的亲信恩遇，他的权势一天比一天隆盛，朝中的大臣都是他的耳目。忤逆他的，就要遭到有如夏天降下寒霜似的打击，阿谀奉承他的，受到的照顾就犹如冬天降下甘雨；一个人的荣辱或成败都全凭他一张嘴，一个人的升迁或贬谪全听他的指挥；他所偏爱的人都不是忠心直言的人，他所举荐进用的人都是他的亲戚，替子弟安排位置，势力遍布各州各县。天下太平无事，或许会止息背叛的意图；如果国家有什么忧患，杨素一定会是祸患的根源。奸臣专擅权力，是逐渐而来的，王莽凭借的是多年经营积累的成果，桓玄依据的是两代建立的基业，最后才灭绝了汉代的宗祀，倾覆了东晋的国祚。陛下如果任命杨素为阿衡，我担心他未必能像伊尹一样。诚恳地希望陛下能考察借鉴古今之事，考量处理，使得大隋的基业能够永远稳固，让天下的百姓蒙受无边的福泽！”奏表呈上去，文帝非常生气，捉拿梁毗，投入监狱，亲自审问他。梁毗极尽所知地说：“杨素仗恃陛下的信任，玩弄权力，领兵所到的地方，任意杀戮，没有人道。再者，太子杨勇、蜀王杨秀犯罪被废黜的时候，朝中的文武百官莫不震惊竦惧，只有杨素扬眉得意，手舞足蹈，喜形于色，把国家发生变故当作自己的幸事。”文帝无法使梁毗屈服，于是释放了他。

后来，文帝也逐渐疏远忌惮杨素，颁下敕令说：“仆射是国家的宰辅，不可以亲自处理细微的事务，只要三五天到尚书省里去一次，评论大的事情即可。”从表面上看，是对他表示优待推崇，实际上是剥夺他的权力。杨素因此直到仁寿末年，不再总理尚书省的事务。文帝将杨约派出去担任伊州刺史。

杨素被疏远以后，吏部尚书柳述日益专权，而且兼理兵部尚书，参与掌握朝廷机密；杨素因此忌恨柳述。

太子杨广问贺若弼道：“杨素、韩擒虎、史万岁都被称为良将，他们各自有什么优缺点呢？”贺若弼回答：“杨素是勇猛的将军，不是善于谋略的将领；韩擒虎是战斗的将军，不是统帅众将的将领；史万岁是骑兵的将军，不是统帅大军的将领。”太子杨广问：“那么谁是统帅大军的将领呢？”贺若弼跪拜道：“只有靠殿下自己挑选了！”他的意思是说自己是大将。

交州的俚人首领李佛子作乱，据守越王的故城，派遣侄子李大权据守龙编城，部将李普鼎据守乌延城。杨素举荐瓜州刺史长安人刘方，说他有将帅的才略，文帝于是诏令刘方担任交州道行军总管，统领二十七营的士兵进发。刘方的军令非常严明，有违犯军令的，一定斩首；然而他对士兵却非常仁慈爱护，士兵患病，一定亲自抚慰照料，军士们也因此感怀他。刘方的大军到达都隆岭，与反叛的俚人相遇，打败了他们。等到进兵到李佛子的营地时，刘方先用祸福的道理晓谕他。李佛子恐惧，请求投降。刘方将李佛子送到长安。

三年（癸亥，公元603年）

秋季八月壬申日，文帝把幽州总管燕荣赐死。燕荣为人严厉残酷，常常鞭打身边的人，往往鞭打数千下。他曾经看到路旁丛生的荆条，认为可以用来做刑杖，命人取来，立刻在人身上做实验。如果有人说自己无罪，燕荣就说：“以后你有罪了，再拿这次的杖刑抵免。”不久这人有了过失，将要施行杖刑，被打的人说：“前些时候被杖刑，您答应以后有罪的时候就宽恕我。”燕荣就说：“没有犯罪尚且要打，何况犯了罪呢！”依然照旧施行杖刑。

观州长史元弘嗣调任幽州长史，担心受到燕荣的凌辱，坚决推辞。文帝就敕令燕荣说：“元弘嗣如果犯了杖刑十杖以上的罪过，都要上报给我。”燕荣生气地说：“这小子竟然敢作弄我！”于是派元弘嗣监管收储粮食，如果风吹走一糠一秕，都要处罚他。每次鞭打虽然不满十下，但是一天之中有时要打好几次。这样经过几年，燕荣与元弘嗣的怨隙日渐形成、加深。燕荣捉拿元弘嗣下狱，断绝他的食粮，元弘嗣抽取棉絮，用水咽下去。元弘嗣的妻子到皇宫门口陈述冤情，文帝派使臣前去调查，结果回报燕荣为政苛刻暴虐，贪赃枉法，声名狼藉；文帝于是征调燕荣回朝，赐他自尽。元弘嗣代替燕荣主持政事，比燕荣还要酷虐。

九月壬戌日，设置常平官。

这一年，龙门人王通到皇宫门前进献《太平十二策》，文帝没能采用，王通于是作罢返回。他就在黄河、汾水一带教书，弟子从远方前来的很多，朝廷屡次征召他，都不出来任官。杨素非常器重他，劝他出来做官，王通说：“我有祖先留下来的破草房足以遮风挡雨，薄田足够提供厚稠的粥，读书论道足以自我娱乐。希望明公端正身心，来治理天下，四时和顺，年年丰收，我所受的恩赐已经很多了，出去做官是我所不愿意的。”有人在杨素面前说王通的坏话，说：“他实在太怠慢您了，您为什么要尊敬他呢？”杨素就此来问王通，王通说：“如果您可以被怠慢，那我的怠慢就是对的；如果您是不可以被怠慢的，那我的怠慢就错了：是对是错，得失都在我自己，和您有什么关系呢！”杨素对待他依然如当初一样。

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